柠檬蜂蜜水的功效来自于蜂蜜和柠檬，其中蜂蜜中富含单糖、氨基酸、矿物质及酶类等活性物质能润肠通便并能促进机体的新陈代谢，而柠檬中富含的维生素、有机酸、黄酮类化合物等成分能减轻自由基的危害并能抑制细胞色素的沉积，因此柠檬和蜂蜜搭配食用在减肥瘦身、排毒养颜等方面更是相得益彰。
柠檬蜂蜜水虽然有着不错的营养功效，但饮用时间不适宜也可能会给健康带来危害，例如长期空腹喝柠檬蜂蜜水就容易因胃酸过多而导致胃肠疾病，总的说来柠檬蜂蜜水的最佳饮用时间是饭后1小时左右及睡前1小时左右，饭后1小时喝柠檬蜂蜜水有助于减肥瘦身，而睡前1小时喝柠檬蜂蜜水有助于排毒养颜。
蜂蜜中最富营养价值的成分是酶类等活性物质，但这些活性物质对高温的耐受性非常差，水温超过60℃时部分酶类便会失活而降低蜂蜜的营养价值，因此在制作柠檬蜂蜜水时一定要等温度降到40℃左右时再加蜂蜜，例如用干柠檬片制作时先用开水将柠檬冲好，等水温降到不烫手时再加适量的蜂蜜即可饮用。
柠檬蜂蜜水最好不要空腹饮用，长期空腹饮用易因胃酸过多而导致胃肠疾病，有些人喜欢早上起床后空腹喝杯柠檬蜂蜜水，实际上这是完全错误的，此时喝柠檬蜂蜜水虽然效果可能很显著，但同时对胃肠的伤害也非常大，原因是喝蜂蜜会刺激胃部分泌胃酸，而柠檬中又含大量的柠檬酸、苹果酸等酸性物质。柠檬蜂蜜水也不能长期过量饮用，长期过量饮用不但起不到减肥瘦身的效果，反而可能越喝越胖甚至因肥胖而引发糖尿病，而且长期过量喝柠檬蜂蜜水对胃肠的伤害也非常大。
